Согласно изначальному плану, РНПЦ разделён на два сектора: один будет заниматься хирургической гепатологией, второй – органной трансплантацией. Кроме того, в Центре действует лаборатория клеточных технологий, в которой будут проводиться научно-исследовательские работы в области клеточной терапии. Центр оснащён по последнему слову современной медицинской техники. Его возможности позволяют проводить не только традиционные полостные, но также  и малоинвазивные операции.

В новом Центре уже в ближайшее время начнут проводиться операции по пересадке почек, печени, костного мозга, поджелудочной железы, а также другие хирургические операции. Специалисты, которые будут работать в РНПЦ трансплантации, проходили дополнительное обучение на протяжении более двух лет в России, Великобритании и Германии.

Особой гордостью центра является не только его оснащённость, но также и оборудованные послеоперационные палаты. Так, сектор имеет собственную систему воздухообмена: воздух перед поступлением в палаты стерилизуется и подаётся под давлением. Для того, чтобы попасть в послеоперационное отделение, необходимо пройти своеобразный воздушный шлюз, находящийся между коридором и каждой палатой. Такое решение позволит минимизировать бактериологическую опасность для прооперированных пациентов.